просто замените рекурсивное вычисление НОД на итеративное.

include <bits/stdc++.h>

using namespace std;

long long func9(long long m,long long n){ if(m>n){ return func9(m-n,n); }else if(m<n){ return func9(n-m,m); }else{ return n; } }

int main() {

long long a,b;
cin>>a>>b;
cout<<func9(a,b);
return 0;

}

import java.util.Scanner;

public class Main { public static long gcd(long a, long b) { if (b == 0) return a; return gcd(b, a % b); }

public static void main(String[] args) {
    Scanner scan = new Scanner(System.in);
    long n = scan.nextLong();
    long m = scan.nextLong();
    long result = gcd(n, m);
    System.out.println(result);
    scan.close();
}

}